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一般青贮的发酵过程是可以分为 3 个阶段的，就是好气性菌活动阶段、乳酸发酵阶段和青贮稳定阶段这。 在青贮启窖使用阶段有时也可能会出现二次的发酵。
第一个阶段：农盛乐好气性菌活动阶段，新鲜青贮原料在青贮容器中压实密封后，植物细胞并没有立即死亡，在 1 ～ 3d 仍进行呼吸作用，分解有机物质，直到青贮饲料内氧气消耗尽，呈厌氧状态时才会停止呼吸。
  在青贮开始的时候，附着在原料上的酵母菌、腐败菌、霉菌和醋酸菌等好气性微生物，利用植物细胞因受机械压榨而排出的富含可溶性碳水化合物的液汁，迅速进行繁殖。腐败菌、霉菌等繁殖是比较最为强烈的，它使青贮料中蛋白质破坏，形成大量吲哚和气体以及少量醋酸等。好气性微生物活动结果以及植物细胞的呼吸，使得青贮原料期间存在的少量氧气很快殆尽，形成厌氧环境。另外，植物细胞呼吸作用、酶氧化作用及微生物的活动还放出热量。厌氧和温暖的环境为乳酸菌发酵创造了条件。该阶段是青贮饲料环境从有氧变为厌氧过程所必需。如果青贮原料中氧气过多，植物呼吸时间过长，好气性微生物活动旺盛，会使原料的温度升高，有时高达 60 ℃左右，因而削弱乳酸菌与其他微生物竞争能力，使青贮饲料营养成分损失过多，青贮饲料品质下降。第一阶段的长短与原料的化学组成、青贮料装填密度和装填的速度是有关的，蛋白质含量高（豆科作物、牧草）的时间较长，富含糖分和淀粉（玉米植株、根茎类）的时间较短；青贮窖装填松软、速度慢的时间长，青贮窖装填紧密、速度快的时间短。因此，青贮技术关键是尽可能缩短第一阶段时间，通过及时青贮和切短压紧密封好来减少呼吸作用和好气性有害微生物繁殖，以减少养分损失，提高青贮饲料质量。
第二阶段：乳酸菌发酵阶段 厌氧条件及青贮原料中的其他条件形成后，农盛乐饲料发酵剂中乳酸菌迅速繁殖，形成大量乳酸。酸度增大， pH 下降，促使腐败菌、酪酸菌等活动受抑停止，甚至绝迹。当 pH 值下降到 4.2 以下时，各种有害微生物都不能生存，就连乳酸链球菌的活动也受到抑制，只有乳酸杆菌存在。当 pH 为 3 时，乳酸杆菌也停止活动，乳酸发酵即基本结束。
  一般情况下，糖分适宜原料发酵 5 ～ 7d ，微生物总数达高峰，其中乳酸菌为主。玉米青贮过程中，各种微生物的变化情况如表1 。从中可以看出，玉米青贮后半天，乳酸菌数量即达到最高峰，每克饲料中达 16.0 亿。第四天时下降到 8.0 亿， pH 达 4.5 ，而其他微生物则已全部停止繁殖而绝迹。因此，玉米青贮发酵过程比豆科牧草快，青贮品质也好，是最优良的青贮作物。
下面表格中是玉米青贮发酵过程中各种微生物数量的变化